兰州大学电镜中心在2015年9月开始筹建，兰州大学校学术委员会2015年10月批准通过，在国家“双一流建设”项目资金的重点支持建设下，于2016年9月对外正式服务运行，并于2016年11月10日正式发文成立（校发规〔2016〕30号）、2019年10月24日正式实体化运行（校人〔2019〕184号），是学校组建的跨学科跨学院大型仪器设备开放服务及研究平台。中心同时代管了物理科学与技术学院、生命科学学院和化学化工学院原有和新购的部分电镜，目前拥有总价值1.5亿元的各类型电镜和样品制备设备，能在原子级分辨率的层次上为材料学、生物学、化学、医学、农学、地质学等跨自然学科提供形貌、微结构、化学元素、电子态和动态物理学过程的分析与研究。主要电镜设备包括有：300kV 冷冻电镜Krios G3i（配有相位板、STEM、Falcon 3相机、Bioquantum K3相机）、物镜球差校正透射电镜Spectra 300（配有高分辨单色器、电子全息、洛仑兹球差合轴、Oneview IS 相机、K2 in situ高速相机、Gatan GIF 1065、Gatan Holoworks、旋进电子衍射）、聚光镜球差校正透射电镜FEI Titan Cubed Themis G2 300 （配有单色仪、Lorentz棱镜、电子全息双棱镜、Bruke Super X能谱仪、Gatan 965图像过滤系统和除液态样品杆外的各种原位样品杆）、场发射高分辨率透射电镜FEI Tecnai F30、场发射高分辨率透射电镜FEI Talos F200S、生物冷冻透射电镜FEI Talos F200C，生物冷冻透射电镜FEI Tecnai 20，生物结构透射电镜FEI Tecnai G2 Spirit Bio-Twin、生物结构透射电镜JEOL JSM 1230聚焦离子束-电子束双束电镜Tescan LYRA3 XMU、含低真空模式场发射扫描电镜FEI Apreo S、生物扫描电镜JEOL JSM 6380LV，共计12台。主要制样设备包括有：Leica冷冻超薄切片机EM UC7/FC7、Lecai精研一体机 EM TXP、Leica离子减薄仪EM RES102、Leica临界点干燥仪EM CPD300、Leica微波组织处理机EM AMW、Leica染色机EM AC20、Gatan 656凹坑仪、Gatan 601超声波切割机、TenuPol-5电解双喷仪、Gatan 950等离子清洗仪等，可以完成从无机到生物的各种材料精细制备。中心含兼职教师现有成员11人，物理科学与技术学院彭勇教授任中心主任，有教授2人、副教授1人、高级工程师2人、讲师2人、工程师3人、行政秘书1人。中心为校内外近千个科研团队、个人和地区企业服务，支撑了学校60%以上SCI一区文章的发表和部分社会公益科普教育，同时已接待全国政协委员、教科卫体委员会主任、美国德州大学校长等国内外领导、专家、校友和中小学生等的参观访问超过2000人次，成为了兰州大学支撑及从事前沿科学研究的一个重要基地和展示科研实力的示范性窗口。